Nükleer enerji üretiminde kullanılan yakıtlar yüksek radyoaktiviteye sahip uzun yarı ömürlü izotoplar içermektedir. Kullanılmış yakıtlar, ya yeniden işlenerek içindeki tekrar yanabilecek uranyum ve plutonyum alınır ve kalan kısım yüksek aktiviteye sahip olduğundan camlaştırılarak depolanır ya da herhangi bir işlem yapılmaksızın depolanır. Tekrar kullanılmamasına karar verilen kullanılmış yakıtlar ve camlaştırılmış atıklar uzun yarı ömürlü ve yüksek radyoaktiviteye sahip olduklarından nihai olarak depolanmalıdır Nihai depolama için sızdırmaz ve aşınmaya karşı dirençli özel çelik kaplar içine konulan kullanılmış yakıtlar geçici yer üstü ve yer altı depolarında muhafaza edilmektedir. Ancak son depolama için gelecekte jeolojik oluşumlarda (yer altı) depolama teknolojisi kullanılacaktır. Yer altı depolama ile atığın, yerin yaklaşık 600-1000 m altında yer altı sularının bulunmadığı ve deprem riski olmayan kayalık bölgelere gömülmesi planlanmaktadır. Kullanılmış yakıtın yeniden işlenerek içindeki uranyum ve plütonyumun alınmasından sonra arta kalan yüksek seviyeli atıklar ise camlaştırılarak depolanmaktadır. Atıkların camlaştırılmasının nedeni camın suda çözünmesinin hemen hemen olanaksız olmasıdır. Böylece yer altı depolaması sırasında olabilecek bir suyla temas sonucunda atığın suya karışma ihtimali çok azaltılmış olmaktadır. Kaldı ki camlaştırılmış atık değişik katmanlardan oluşan özel bir kabın içinde bulunmaktadır.
Ayrıca, gelecekte kullanılmış yakıtta bulunan uzun yarı ömürlü izotopların kısa yarı ömürlü izotoplara dönüştürülmesi için "hızlandırıcı güdümlü reaktör" sistemlerinin kullanılması yöntemleri de araştırılmaktadır.
Yeraltı jeolojik (nihai) depolama konusunda ABD'de ve Finlandiya'da önemli gelişmeler bulunmaktadır:
-
ABD'de Enerji Bakanlığı, Yucca Dağı'nın, kullanılmış yakıtların nihai depolanması için uygun bir alan olduğunu rapor ederek lisans müracaatı için NRC'ye başvurulmasını, 2010 yılında ise atıkların tesise konmasını planlamaktadır. New Mexico yakınlarında bulunan ilk yeraltı depolama tesisi olan WIPP, (Waste Isolation Pilot Plant) araştırma ve savunma programlarından ortaya çıkan transuranyum atıkların depolanması amacıyla 26 Mart 1999 tarihinde işletmeye alınmıştır.
-
Finlandiya Parlamentosu, kullanılmış yakıtların nihai depolanması için Eurajoki Belediyesi içindeki Olkiluoto'da depolama tesisinin inşasına "Prensipte Karar" için onay vermiştir. Nihai depolama tesisinin inşası 2010 yılında, işletmesi ise 2020 yılında başlayacaktır.